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离婚协议后变更去哪个部门在法律上没有限制，夫妻双方在离婚前或者离婚后任何时候，可以通过协商变更离婚协议，不需要有关部门同意，也不需要到某个机关办理，只要双方经过协商重新达成协议，重新签订一份新协议或者补充协议即具有法律效力。离婚协议是夫妻双方就子女抚养、财产分割达成的协议，该协议只要是夫妻双方的真实意思表示，不违反法律的强制性规定，经双方签字确认后就是有效的。
二、办理协议离婚登记需要多久，要依据具体情况而定，协议离婚要签订离婚协议书，申请办理离婚登记后，有离婚冷静期，离婚冷静期是30天，冷静期结束后，要在30天内申请发给结婚证。
找法网提醒您：根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十七条【离婚冷静期】自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证;未申请的，视为撤回离婚登记申请。
三、1.离婚的男女双方共同到一方常住户口的区、县级市民政局（或镇人民政府）婚姻登记处提出申请。
2.双方当事人填写《申请离婚登记声明书》，并在婚姻登记员面前签名或按指印。
3.双方当事人在离婚协议书（一式三份）上签署同意协议内容的意愿，并在婚姻登记员面前签名或按指印。
4.婚姻登记机关对离婚当事人提交的证件、协议书、证明材料进行审查，符合离婚登记条件的，予以登记。